Friday, May 29, 2009
Materi Persiapan Ujian
Untuk para mahasiswa D4 Analis Kesehatan, saya post-kan link untuk mendownload materi persiapan ujian akhir, silahkan anda download.
1. Contoh Studi Kasus Pengembangan Sistem Informasi
Monday, May 25, 2009
Pertanyaan-pertanyaan Simulasi UAS
Untuk mahasiswa D3 Analis Kesehatan
Simulasi UAS…
(Materi terakhir untuk membantu memahami materi Komputer dan meningkatkan nilai menjadi minimal B)
- Jelaskan fungsi dukungan brainware terhadap sistem operasi ketika komputer bekerja !
- Jelaskan fungsi dukungan software terhadap hardware ketika laptop anda sedang terkoneksi ke jaringan internet !
- Jelaskan perbedaan kedua alamat berikut : http://ar-wdh.blogspot.com dan ar_wdh@yahoo.com.sg !
- Tuliskan urutan langkah-langkah mengkoneksikan laptop anda ke jaringan telkomnet@instan !
- Tuliskan apa syaratnya agar PC anda dalam digunakan untuk browsing dengan jaringan telkomnet@instan !
- Jelaskan perbedaan jaringan wiring dan jaringan wireless !
- Sebutkan ciri-ciri HP yang bisa digunakan untuk browsing di jaringan internet !
- Jelaskan mengapa ketika akan surfing di laboratorium komputer harus mengubah setingan IP Komputer secara manual, sedangkan jika menggunakan laptop tidak perlu !
- Jelaskan definisi berikut ini : surfing, browsing, chatting, chatter, browser, mailing list, wiring net, WiFi, wireless net, hotspot, Bluetooth, milis, search engine, keyword, attachment, login
- Jelaskan mengapa terdapat kolom isian username dan password saat akan menggunakan account email anda !
- Sebutkan provider email gratis dan chatting gratis sebanyak-banyaknya !
- Jelaskan dari mana para penyedia layanan gratis di internet mampu memperoleh keuntungan !
- Tuliskan motif-motif kejahatan di dunia internet !
- Apakah file-file dengan ekstensi doc, docx, ppt, pptx, xls, xlsx dan pdf dalam dikirim ke orang lain lewat jaringan internet ?
Jika ya, sebutkan lewat teknologi apa saja file tersebut dapat dibagikan ke orang lain !
Jika tidak, jelaskan mengapa ! - Sebutkan contoh aplikasi bioinformatika di dunia kesehatan !
- Jelaskan pola hubungan bidang-bidang ilmu pendukung / penyokong bioinformatika !
- Jelaskan mengapa banyak peneliti biologi dan kesehatan menyambut gembira kemajuan bioinformatika !
- Jelaskan posisi / kondisi paling ideal untuk berkomputer dengan laptop ketika berada di ruang kelas (kuliah) dan ketika berada di taman kampus !
- Sebutkan contoh komputer digital yang digunakan di laboratorium tempat anda praktek !
Soal Ujian Microsoft Word dan Internet
Untuk mahasiswa D3 Farmasi Program Khusus
Soal Ujian Praktikum Komputer
Jawablah Soal-soal berikut, dengan terlebih dahulu mengetikkan Nama lengkap, NIM dan mencantumkan foto Anda pada halaman 1.
- Pada halaman 1, ketiklah seperti contoh di bawah ini :
- Pada halaman 2, ketiklah seperti contoh di bawah ini :
- Pada halaman 3, ketiklah seperti contoh di bawah ini :
- Untuk pertanyaan berikut ini, ketiklah jawaban anda pada halaman 4
- Jelaskan mengapa ketika akan surfing di laboratorium komputer harus mengubah setingan IP Komputer secara manual, sedangkan jika menggunakan laptop tidak perlu !
- Jelaskan definisi berikut dan tuliskan contohnya : browser, browsing, surfing, hotspot, dan WiFi !
- Apa yang dimaksud dengan IP Address dan Jelaskan Fungsinya!
Friday, May 22, 2009
Latihan Ujian Word + Internet
Latihan Ujian untuk mahasiswa D3 Farmasi Program Khusus untuk materi Word dan Internet
- Aturlah halaman word anda dengan ketentuan :
- Ukuran kertas A5
- margin kiri dan atas = 4 cm
- margin kanan dan bawah = 2.5 cm
- RUANG LINGKUP BIOTEKNOLOGI PERIKANAN ............ 4
- Manipulasi Hormon Reproduksi ............ 8
- Rekayasa Genetik ............ 10
- BIOTEKNOLOGI PERIKANAN ............ 12
- Ketiklah tulisan dibawah ini dengan jarak antar spasi 3
- Kerjakan prosedur berikut :
- tanyakan pada mbah google : wirausaha bidang farmasi selain apotek
- Capture / print screen lah tampilan hasil penelusuran google
- Bukalah salah satu link yang ada, kemudian kutip isinya untuk disalin pada Word anda.
- Jelaskan mengapa komputer PC harus diseting manual untuk terkoneksi ke jaringan internet USB sedangkan laptop tidak malah jangan diseting secara manual !
Thursday, May 21, 2009
review materi
kita review dengan menjawab pertanyaan berikut :
- tuliskan tag inti untuk membuat halaman HTML
- tuliskan tag untuk membuat tulisan dengan huruf Arial, tebal dengan ukuran 24 pt
- tuliskan tag lengkap untuk membuat tabel seperti di bawah ini :
no | standar akademik | waktu pelaksanaan | anggaran | ||
USB | fak teknik | s1 tek ind | |||
1 | .... | ||||
2 | .... |
- bagaimana prosedur dan tag untuk meng-insert picture
- jelaskan mengapa halaman utama dan pertama dari sebuah website harus bernama index.html
- terangkan bagaimana langkah-langkah memiliki website yang ditempatkan diperusahaan jasa hosting website di internet
- terangkan apa yang dimaksud dengan domain dan sub domain
Monday, May 18, 2009
Ujian Praktikum Komputer
Diperuntukkan bagi mahasiswa yang praktek setiap hari Senin pukul 12.00 - 14.00.
Petunjuk :
1. Kerjakan dengan tools Microsoft Word
2. Jika anda sudah selesai, mohon panggil pengawas untuk dinilai.
3. Setelah dinilai, mohon anda kopi hasil kerjaan anda ke dalam flashdisk untuk kemudian diprint dan dikumpulkan pada dosen pengampu paling lambat Selasa, 19 Mei 09 jam 10.00
4. Setelah itu anda bisa meninggalkan ruang ujian.
Soal.
1. Carilah website yang berisi informasi tentang Peluang Kerja bidang Analis Kesehatan.
Kutiplah informasi tersebut ke dalam Microsoft Word anda.
2. Capturelah tampilan website tersebut dan pindahkan dalam Microsoft anda kemudian berilah penjelasan apa saja yang ditampilkan pada website tersebut.
3. Kerjakan soal berikut dengan tools Microsoft Excel dan kopikan hasilnya ke Microsoft Word anda!
Tunjangan diberikan hanya untuk pegawai yang memiliki gaji dibawah 1,6 juta, yaitu uang makan dan transport, selain itu tidak ada tunjangan.
Pajak dibebankan hanya untuk pegawai yang memiliki gaji diatas atau sama dengan 1,9 juta, yaitu (Gaji +Tunjangan)*0.25 dan hasilnya tanpa ada desimal
5. Buatlah grafik gaji dengan pajak, kemudian kopikan hasilnya ke Microsoft Word.
No |
Gaji |
Tunjangan |
Pajak |
1 | 1,05 juta | ||
2 | 0,75 juta | ||
3 | 2,25 juta | ||
4 | 2,01 juta | ||
5 | 1,55 juta | ||
6 | 1,90 juta | ||
7 | 1,15 juta> |
Friday, May 15, 2009
Cara mengkoneksikan komputer lab. ke jaringan internet
Panduan Mengkoneksikan Komputer ke Jaringan Internet Di Universitas Setia Budi
Menggunakan PC di Laboratorium Komputer
Komputer-komputer di Laboratorium Komputer terhubung dalam satu konektivitas yang tertutup. Artinya : Jaringan yang dibangun di Laboratorium Komputer berbeda (atau : tidak terhubung dengan jaringan internet kampus USB).
Mengapa berbeda ?
Jaringan komputer dibangun dengan memberikan alamat-alamat kepada masing PC yang terhubung (dalam istilah teknis : diberikan nomor IP). Contoh nomor IP di jaringan Laboratorium Komputer : 192.168.3.100. Sedangkan contoh nomor IP di jaringan Internet USB : 192.168.27.100.
Bisa dilihat, terdapat perbedaan kepala nomor IP, pada jaringan Laboratorium Komputer dengan kepala IP (3), sedangkan kepala IP untuk jaringan internet kampus adalah 27.
Oleh karenanya, agar kita bisa browsing di Laboratorium, maka diperlukan suatu perubahan setingan pada komputer Lab tersebut, yaitu merubah kepala IP dari 3 menjadi 27. Langkahnya adalah seperti berikut :
Klik tombol Start → Control Panel → Network and Internet Connections → Network Connections. Kemudian klik kanan pada Local Area Connection yang tersedia. Setelah itu klik bagian Propertis.
Maka akan muncul menu seperti pada Gambar 2. Kemudian klik Internet Protocol (TCP/IP), setelah itu klik Properties.
Maka akan muncul menu seperti pada Gambar 3.
Gambar 3. Internet Protocol (TCP/IP) Properties
Klik bagian Use the following IP address, kemudian isikan bagian-bagian berikut :
• IP Address : 192.168.27.xxx
Pada bagian ini, anda rubah angka pada kolom ketiga : Dari angka 3 menjadi angka 27. Kemudian pada kolom xxx, anda isi angka dari range 30 – 250.
• Subnet Mask : 255.255.255.0
Biarkan saja bagian ini, tidak perlu dirubah.
• Default Gateway : 192.168.27.1
Pada bagian ini, anda rubah angka pada kolom ketiga : Dari angka 3 menjadi angka 27.
• Preferred DNS : 114.141.57.2
• Alternated DNS : 114.141.57.6
Rubah bagian ini menjadi seperti panduan di atas.
Menggunakan Laptop (Fasilitas Hotspot Kampus) Jika menggunakan laptop, prosedur untuk mengkoneksikan laptop anda ke jaringan internet lebih sederhana dan lebih mudah. Karena jaringan hotspot USB memanfaatkan fasilitas DHCP, yaitu suatu fasilitas pemberian nomor IP secara otomatis kepada laptop-laptop yang akan mengkoneksikan diri. Yang harus dilakukan, adalah memastikan laptop anda memiliki fasilitas WiFi dan sudah dalam keadaan ON.
Jika sudah, maka anda tinggal ngecek saja, apakah laptop anda sudah terkoneksi dengan salah satu antenna hotspot USB. Caranya :
Klik Start > Control Panel > Network Connections. Maka akan tampil layar berikut ini :
Kemudian pada icon Wireless Network Connection, anda klik kanan > View Availables Network Connection. Maka akan tampil layar berikut ini :
Anda tinggal memilih sinyal antenna yang paling kuat, kemudian klik tombol connect.
Atau anda bisa download panduan di atas dengan meng-klik link ini : Download Panduan.
Friday, May 8, 2009
Contoh kasus Statistik
Mohon maaf saya tidak bisa mendampingi praktikum kali ini. Hari ini (Senin, 11 Mei 2009 dan Selasa 12 Mei 2009), kita akan mempelajari tentang validitas dan reliabilitas. Bacalah dulu materi di bawah ini sampai habis, baru anda kerjakan.
Berikut, contoh pertanyaan yang kita jadikan kasus :
Pertanyaan yang saya tampilkan di atas, adalah salah satu contoh pertanyaan untuk satu variabel, yaitu variabel (X1). Nah, pada contoh tabel dibawah, akan terlihat bahwa terdapat 5 buah variabel. Jadi, pada saat merekap hasil kuisioner, dilakukan penjumlahan jawaban per variabel.
Berikut contoh rekapan dari jawaban kuisioner :
Nah, bagaimana untuk menganalisis data tersebut ?
Langkah :
1. Ketiklah rekapan jawaban kuisioner tersebut di atas pada excel, kecuali kolom total.
2. Kolom total anda cari dengan formula sum.
3. Copykan isi data (hanya isi data saja; judul kolom tidak diikutsertakan) kemudian anda pastekan di data view SPSS.
4. Jika sudah maka langkah pengujian data menggunakan SPSS adalah sebagai berikut : klik menu Analize > Correlate > Bivariate.
5. Pindahkan semua variabel yang akan diuji ke kolom bagian kanan.
6. Klik OK.
Sekarang bagaimana analisa validitasnya ? Langkahnya adalah :
1. Catat seluruh angka signikafikan (sig) setiap variabel yang terdapat pada kolom total. Seperti contoh dibawah ini :
2. Bagaimana menentukan valid/tidak valid? Disebut valid, jika nilai signifikansi untuk variabel tersebut < 0.05.
Analisis Reliabilitas
Analisis ini dilakukan terhadap variabel yang lulus uji validasi. Variabel yang tidak lulus, tidak diikutsertakan pada pengujian Reliabilitas. Langkahnya :
1. Klik menu Analyze > Scale > Reliability Analysis.
2. Pindahkan variabel-variabel yang valid ke kolom bagian kanan.
3. Klik OK.
Kemudian pada layar output akan ditampilkan nilai Alpha.
Kuisioner anda akan dinyatakan reliabel jika nilai Alpha > 0.5 dan semakin mendekati 1 artinya semakin reliabel.
SS | S | TT | TS | STS | ||
1. | Petugas akrab dan ramah dengan mahasiswa | | | | | |
2. | Pemberian informasi kepada mahasiswa dapat dengan mudah dimengerti | | | | | |
3. | Kemampuan berkomunikasi petugas cukup baik | | | | | |
4. | Petugas mau mendengarkan keluhan dan masukan dari mahasiswa | | | | | |
No Responden | Total A (X1) | Total B (X2) | Total C (X3) | Total D (X4) | Total E (X5) | total |
1 | 20 | 17 | 16 | 17 | 17 | 10 |
2 | 26 | 14 | 16 | 19 | 24 | 11 |
3 | 23 | 19 | 20 | 14 | 16 | 11 |
4 | 19 | 13 | 14 | 11 | 12 | 8 |
5 | 22 | 18 | 20 | 19 | 18 | 11 |
6 | 22 | 22 | 21 | 22 | 21 | 13 |
7 | 22 | 22 | 21 | 21 | 21 | 13 |
8 | 21 | 19 | 16 | 13 | 21 | 11 |
9 | 23 | 16 | 16 | 17 | 20 | 12 |
10 | 22 | 22 | 18 | 22 | 22 | 17 |
11 | 29 | 19 | 22 | 23 | 27 | 17 |
12 | 19 | 13 | 16 | 18 | 11 | 10 |
13 | 29 | 17 | 21 | 22 | 27 | 16 |
14 | 26 | 17 | 19 | 21 | 30 | 18 |
15 | 23 | 16 | 18 | 17 | 19 | 11 |
No | Item Variabel |
Nilai Sig |
Ket |
1 | X1 |
0.00 |
valid |
2 | X2 |
0.67 |
tidak valid |
Tuesday, May 5, 2009
Materi ujian praktek untuk Mhs yang mengulang
Bagi mahasiswa D3 Analis Kesehatan selain angkatan 2008 yang mengikuti mata kuliah Praktek Komputer, maka untuk tugas dan ujian praktek, silahkan anda ikuti petunjuk di bawah ini :
Materi Penguasaan Microsoft Word
1. Download petunjuk latihan. Silahkan klik pada link ini.
2. Anda kerjakan 10 latihan yang ada pada petunjuk latihan tersebut.
3. Kirimkan hasil kerjaan anda melalui email saya, dengan attachment file-file kerjaan anda.
Materi Penguasaan Microsoft Excel
1. Download petunjuk latihan. Silahkan klik pada link ini.
2. Anda kerjakan 9 latihan yang ada pada petunjuk latihan tersebut.
3. Kirimkan hasil kerjaan anda melalui email saya, dengan attachment file-file hasil latihan anda.
Ini dulu anda kerjakan batas waktu pengumpulan tanggal 22 Mei 2009, jam 10.00. Kemudian untuk ujian selanjutnya nti ikut ujian besar pada akhir semester. Kurang lebih minggu ke-3 bulan Mei..
Friday, May 1, 2009
Membuat makanan sehat dan menyenangkan si kecil
Kemaren, alhamdulillah bisa pulang cepat (jarang banget soalnya). Sampe rumah, maenan ama si kecil. Eh, ditengah-tengah maenan dia minta mie ayam.. (Padahal anakku belum ada 2 tahun) Nah, kebetulan punya alat penggepeng adonan dan pemotong adonan menjadi bentuk mie. Akhirnya ku ajak si kecil ama mamanya tuk bikin mie sendiri. Tuh liat, dia senang banget diajak bikin mie. Mau tau bahan dan caranya ? Saya bagikan ilmunya : Buat adonan tepung dengan komposisi :
- terigu
- tepung kanji (sebagai pengganti boraks) fungsi : untuk mengenyalkan
- telur 1bh
- dan air secukupnya
Bioinformatika : Perpaduan dunia Biologi dengan Teknologi Informasi
Bioinformatika, sesuai dengan asal katanya yaitu “bio” dan “informatika”, adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya, Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi.
Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu kedokteran (Gambar 1), dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lainnya.
Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial intelligence. Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa dibuat secara artificial melalui simulasi dari gejala-gejala tersebut.
Bioinformatika ini penting untuk manajemen data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama Bioinformatika adalah program software dan didukung oleh kesediaan internet. Saat ini, perkembangan ilmu biologi sangat dipengaruhi oleh perkembangan ilmu bioinformatika. Tidaklah dapat dimungkiri kalau bioinformatika telah mempercepat kemajuan ilmu biologi. Lebih jauh lagi, kalau dilihat dari bidang yang lebih spesifik, kemajuan suatu bidang sangat dipengaruhi oleh kemajuan bioinformatika. Semakin maju bioinformatika di suatu bidang (ditandai dengan banyaknya software yang tersedia), semakin maju pulalah bidang tersebut.
Mengapa Bioinformatika menjadi trend ??
Bioteknologi modern ditandai dengan kemampuan manusia untuk memanipulasi kode genetik DNA, “cetak biru kehidupan”. Berbagai aplikasinya telah merambah sektor kedokteran, pangan, lingkungan, dsb.
Kemajuan ilmu Bioinformatika ini dimulai dari genome project yang dilaksanakan di seluruh dunia dan menghasilkan tumpukan informasi gen dari berbagai makhluk hidup, mulai dari makhluk hidup tingkat rendah sampai makhluk hidup tingkat tinggi. Pada tahun 2001 pembacaan sekuen genom manusia yang dilakukan oleh perusahaan bioteknologi Amerika Serikat (AS) Celera Genomics menjadi lebih cepat dan lebih akurat dibanding usaha konsorsium lembaga riset publik AS, Eropa, dll berkat kontribusi TI melalui perangkat komputasinya (perangkat keras maupun lunak). Aplikasi TI life sciences yang melahirkan bidang Bioinformatika dalam bidang biologi/akan menjadi semakin penting di masa depan, tidak hanya mengakselerasi kemajuan bioteknologi namun juga menjembatani dua gelombang ekonomi baru tersebut (TI & bioteknologi).
Nah, hasil pembacaan dari genome project ini adalah database genom-genom. Semua data-data yang dihasilkan dari genome project ini perlu di susun dan disimpan rapi sehingga bisa digunakan untuk berbagai keperluan, baik keperluan penelitian maupun keperluan di bidang medis. Dalam hal ini peranan Bioinformatika merupakan hal yang esensial.
Keberadaan database adalah syarat utama dalam analisa Bioinformatika. Database informasi dasar telah tersedia saat ini. Untuk database DNA yang utama adalah GenBank di AS (Gambar 2). Sementara itu bagi protein dan sekuen asam aminonya, databasenya dapat ditemukan di Swiss-Prot (Swiss) dan untuk struktur 3D-nya di Protein Data Bank (PDB; AS).
Gambar 2. Data sekuen DNA dalam GenBank
Dengan Bioinformatika, data-data ini bisa disimpan dengan teratur dalam waktu yang singkat dan tingkat akurasi yang tinggi serta sekaligus dianalisa dengan program-program yang dibuat untuk tujuan tertentu. Sebaliknya Bioinformatika juga mempercepat penyelesaian genome project ini karena Bioinformatika mensuplai program-program yang diperlukan untuk proses pembacaan genom ini.
Untuk mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan (misalnya Applied Bioinformatics), atau berubah nama seperti Computer Applications in the official journal Biosciences (CABIOS) menjadi BIOInformatic yang menjadi dari International Society for Computational Biology (ICSB).
Apa contoh aplikasi dan implikasinya ??
Ada banyak sekali penerapan bioinformatika, mulai dari manajemen data hingga penggunaannya pada dunia ke-biologi-an dan turunannya. Namun sebagai contoh, akan dibahas akan peranan bioinformatika pada dunia kedokteran dan virologi.
Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran
1. Bioinformatika dalam bidang klinis
Perananan Bioinformatika dalam bidang klinis ini sering juga disebut sebagai informatika klinis (clinical informatics). Aplikasi dari clinical informatics ini adalah berbentuk manajemen data-data klinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan oleh Clement J.
McDonald dari Indiana University School of Medicine pada tahun 1972 [5]. McDonald pertama kali mengaplikasikan EMR pada 33 orang pasien penyakit gula (diabetes). Sekarang EMR ini telah diaplikasikan pada berbagai penyakit. Data yang disimpan meliputi data analisa diagnosa laboratorium, hasil konsultasi dan saran, foto ronsen, ukuran detak jantung, dll. Dengan data ini dokter akan bisa menentukan obat yang sesuai dengan kondisi pasien tertentu. Lebih jauh lagi, dengan dibacanya genom manusia, akan memungkinkan untuk mengetahui penyakit genetik seseorang, sehingga personal care terhadap pasien menjadi lebih akurat.
Sampai saat ini telah diketahui beberapa gen yang berperan dalam penyakit tertentu beserta posisinya pada kromosom. Informasi ini tersedia dan bisa dilihat di home page National Center for Biotechnology Information (NCBI) pada seksi Online Mendelian in Man (OMIM) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM). OMIM adalah search tool untuk gen manusia dan penyakit genetika. Selain berisikan informasi tentang lokasi gen suatu penyakit, OMIM ini juga menyediakan informasi tentang gejala dan penanganan penyakit tersebut beserta sifat genetikanya. Dengan demikian, dokter yang menemukan pasien yang membawa penyakit genetika tertentu bisa mempelajarinya secara detil dengan mengakses home page OMIM ini.
Sebagai salah satu contoh, jika kita ingin melihat tentang kanker payudara, kita tinggal masukan kata-kata “breast cancer” dan setelah searching akan keluar berbagai jenis kanker payudara. Kalau kita ingin mengetahui lebih detil tetang salah satu diantaranya, kita tinggal klik dan akan mendapatkan informasi detil mengenai hal tersebut beserta posisi gen penyebabnya di dalam koromosom. Gambar 3 adalah salah satu hasil searching dari breast cancer.
Gambar 3. Hasil searching kanker payudara di OMIM.
2. Bioinformatika untuk penemuan obat
Usaha penemuan obat biasanya dilakukan dengan penemuan zat/senyawa yang bisa menekan perkembangbiakan suatu agent penyebab penyakit. Karena banyak faktor yang bisa mempengaruhi perkembangbiakan agent tersebut, faktor-faktor itulah yang dijadikan target. Diantara faktor tersebut adalah enzim-enzim yang diperlukan untuk perkembangbiakan suatu agent. Langkah pertama yang dilakukan adalah analisa struktur dan fungsi enzim-enzim tersebut. Kemudian mencari atau mensintesa zat/senyawa yang bisa menekan fungsi dari enzim-enzim tersebut.
Penemuan obat yang efektif adalah penemuan senyawa yang berinteraksi dengan asam amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut.
Karena itu analisa struktur dan fungsi enzim ini biasanya difokuskan pada analisa asam amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut. Analisa ini dilakukan dengan cara mengganti asam amino tertentu dan menguji efeknya. Sebelum perkembangan bioinformatika, analisa penggantian asam amino ini dilakukan secara random sehingga memakan waktu yang lama. Dengan adanya Bioinformatika, data-data protein yang sudah dianalisa bebas diakses oleh siapapun, baik data sekuen asam amino-nya seperti yang ada di SWISS-PROT (http://www.ebi.ac.uk/swissprot/) maupun struktur 3D-nya yang tersedia di Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/). Dengan database yang tersedia ini, enzim yang baru ditemukan bisa dibandingkan sekuen asam amino-nya, sehingga bisa diperkirakan asam amino yang berperan untuk active site dan kestabilan enzim tersebut. Hasil perkiraan kemudian diuji di laboratorium. Dengan demikian, akan lebih menghemat waktu dari pada analisa secara random.
Walaupun dengan sarana Bioinformatika bisa diperkirakan senyawa yang berinteraksi dan menekan fungsi suatu enzim, hasilnya harus dikonfirmasi melalui eksperiment di laboratorium. Namun dengan Bioinformatika, semua proses ini bisa dilakukan lebih cepat sehingga lebih efesien baik dari segi waktu maupun finansial.
Bioinformatika dalam Virologi
Sebelum kemajuan bioinformatika, untuk mengklasifikasikan virus kita harus melihat morfologinya terlebih dahulu. Untuk melihat morfologi virus dengan akurat, biasanya digunakan mikroskop elektron yang harganya sangat mahal sehingga tidak bisa dimiliki oleh semua laboratorium. Selain itu, kita harus bisa mengisolasi dan mendapatkan virus itu sendiri.
Isolasi virus adalah suatu pekerjaan yang tidak mudah. Banyak virus yang tidak bisa dikulturkan, apalagi diisolasi. Virus hepatitis C (HCV), misalnya, sampai saat ini belum ada yang bisa mengkulturkannya, sehingga belum ada yang tahu bentuk morfologi virus ini. Begitu juga virus hepatitis E (HEV) dan kelompok virus yang termasuk ke dalam family Calliciviridae, dimana sampai saat ini belum ditemukan sistem pengkulturannya.
Walaupun untuk beberapa virus bisa dikulturkan, tidak semuanya bisa diisolasi dengan mudah. Oleh karena itu, sebelum perkembangan bioinformatika, kita tidak bisa mengidentifikasi dan mengklasifikasikan virus-virus semacam ini.
Dengan kemajuan teknik isolasi DNA/RNA, teknik sekuensing dan ditunjang dengan kemajuan bioinformatika, masalah diatas bisa teratasi. Untuk mengidentifikasi dan mengklasifikasikan virus, isolasi virus tidak lagi menjadi suatu hal yang mutlak. Kita cukup dengan hanya melakukan sekuensing terhadap gen-nya. Ini adalah salah satu hasil kemajuan bioinformatika yang nyata dalam bidang virologi.
Penutup
Ketersediaan database dasar (DNA, protein) yang bersifat terbuka/gratis merupakan peluang besar untuk menggali informasi berharga daripadanya. Sudah disepakati, database genom manusia misalnya akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Dari padanya bisa digali kandidat-kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran/farmasi.
Bioinformatika telah mendorong kemajuan ilmu-ilmu yang memanfaatkannya. Dan tidak berkelebihan kalau perkembangan ilmu biologi umumnya dan ilmu-ilmu turunannya, sangat tergantung kepada perkembangan bioinformatika. Berbagai tool atau software telah dikembangkan untuk analisa gen virus. Berdasarkan analisa gen tersebut kita bisa mengklasifikasikan, menganalisa tingkat mutasi, memprediksi rekombinasi, dan memprediksi bagian antigenik suatu virus. Walaupun hasil yang didapatkan dengan menggunakan tool bioinformatika ini hanya memberikan data-data sebagai bahan pertimbangan, bukan hasil akhir, dengan bioinformatika pekerjaan menjadi cepat karena kita tidak harus melakukan eksperimen secara try and error.
Kerjasama antara peneliti bioteknologi yang memahami makna biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti programmer, dsb akan sangat berperan dalam kemajuan Bioinformatika Indonesia nantinya.
Subscribe to:
Posts (Atom)